样本收集与分析：梨火疫病菌的研究流程

该思维导图概述了样本收集与分析的流程，包括从中国及中亚地区收集梨火疫病菌样本, 进行全基因组测序和组装，分析基因组特征和质粒，比较与模式菌株CFBP1430的相似性，进行系统发育分析以及致病性测试。通过这些步骤，可以深入理解梨火疫病菌的遗传特征和致病机制，为后续研究提供基础数据。

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# 样本收集与分析
## 1. 样本收集
- 来源
  - 中国不同地区
  - 哈萨克斯坦
  - 吉尔吉斯斯坦
- 菌株数量
  - 13株梨火疫病菌（Erwinia amylovora）
## 2. 全基因组测序
- 样本数量
  - 15株菌株
- 测序目的
  - 获取基因组序列信息
## 3. 基因组组装与特征评估
- (1) 蛋白编码序列预测
  - 使用Glimmer 3.0软件
- (2) 基因组相似性比较
  - 模式菌株CFBP1430
  - 平均核苷酸一致性（ANI）值计算
## 4. 基因注释与质粒鉴定
- (1) 功能注释
  - 数据库
    - COG
    - KEGG
    - GO
    - Swiss_Prot
    - NR
- (2) 质粒分析
  - 存在情况
- (3) 毒力因子基因注释
## 5. 与模式菌株CFBP1430的比较分析
- (1) 染色体倒位
- (2) 基因组共线性
- (3) 序列变异
  - SNPs
  - DIPs
- (4) 质粒分布分析
## 6. 系统发育分析
- 数据来源
  - NCBI数据库
  - 132株E. amylovora菌株
  - 10株E. pyrifoliae菌株
- 构建系统发育树
- 进化关系分析
  - 中国菌株与其他地区菌株
## 7. 致病性测试
- 测试对象
  - 15株菌株
- 观察
  - 未成熟梨果实上的致病能力差异

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