细菌基因组分析研究：微生物组与单菌的探索

该思维导图概述了细菌基因组分析与研究的方向，包括微生物组和单菌的研究目的。细菌全基因组分析的流程涉及测序数据获取、基因组组装、物种鉴定与分类、基因组注释、特征基因家族分析以及比较基因组学分析。采用的技术包括第二代与第三代测序、各类组装和校正工具，功能注释软件，以及多种基因家族分析工具，从而深入理解细菌的遗传特性与生态功能。

源码

# 细菌基因组分析研究
## 微生物类研究方向
### 以菌群为研究对象：微生物组
#### 研究目的
- 物种/功能丰富度
- 组成差异
- 微生物相互作用
- 系统进化分析
#### 技术手段
- 高通量测序
- 数据分析工具
### 以单菌为研究对象
#### 研究目的
- 基因组功能解析
- 致病机制研究
#### 研究方法
- 基因组测序
- 功能验证
## 细菌全基因组分析思路
### 测序数据获取
#### 第二代测序
- Illumina
  - 高精度
  - 广泛应用
#### 第三代测序
- ONT Nanopore
  - 长读取
  - 实时分析
### 基因组组装
#### ONT数据组装
- Flye assembler
#### 线性基因组处理
- Unicycler
#### 基因组旋转校正
- DFAST
#### 数据校正
- MEDAKA（ONT）
- PolyPolish（Illumina）
### 物种鉴定与分类
#### 16sRNA分析
- 物种鉴定
- 系统发育研究
#### ANI鉴定
- GTDB_tk
  - ≥95%为同物种
#### 新物种判定
- ANI<95%
- 无近缘参考
### 基因组注释
#### 基因预测
- Prokka
  - 基因识别
#### 功能注释
- EggNOG_mapper
- KEGG BlastKOALA
### 特征基因家族分析
#### 次级代谢产物
- Anti_smash
#### 分泌系统
- TXSScan
#### 毒力因子
- Bastion3/6
- PHI_Base
- VirulenceFD
- VFDB
#### 碳水化合物活性酶
- dbCAN
### 比较基因组学分析
#### 直系同源群构建
- 系统化比较
#### 系统发育树构建
- 分析演化关系
#### 结构变异分析
- 工具
  - progressiveMauve
  - MuMmer

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