高温胁迫下基因表达调控的染色质互作网络分析框架

# 高温胁迫下基因表达调控的染色质互作网络分析框架
## RNA_seq和ATAC_seq数据分析
- RNA_seq上下调基因分析
  - 上调基因列表
  - 下调基因列表
  - 表达模式分析
- ATAC_seq数据筛选活跃转录因子
  - 活跃区域识别
  - 转录因子富集分析
  - 结合位置预测
## 转录因子功能分析
- ATAC_RNA结合分析
  - 富集ATAC motif
    - motif识别工具
    - motif功能注释
  - 表面积分析筛选互作转录因子
    - 结合强度评估
    - 互作网络图谱构建
  - 转录因子表达量同步下调分析
    - 具体基因表达量分析
      - 热胁迫下染色质开放性与表达量关系
        - luc实验验证转录调控机制
  - 转录因子亚细胞定位和自激活实验
    - 亚细胞定位预测
    - 自激活实验设计与结果
  - 蛋白分子对接与化学相互作用力分析
    - 分子对接模型构建
    - 相互作用力计算
  - luc验证互作
    - 实验设计
    - 数据收集与分析
## 染色质互作网络分析
- HIC数据筛选染色质层面互作基因
  - 数据预处理
  - ChIA_PET分析管道处理
    - 工具及流程概述
    - 互作数据提取
  - 保留高置信度相互作用
    - 置信度筛选标准
    - 重要相互作用基因列表
  - 数据转换与可视化
    - 网络构建工具
    - 交互式可视化平台
  - 分析可能基因的染色质互作
    - 功能注释与通路分析
    - 影响机制探讨
  - DNAfish杂交共定位实验
    - 实验设计与实施
    - 数据解读与结果分析
  - 组蛋白修饰分析
    - 修饰类型筛选
    - 修饰与基因表达关系评估